Com relação ao crime ambiental praticado por pessoa jurídica, como a lei especial não dispõe sobre o tema, incide o Código Penal subsidiariamente; mas não o 114, I, do CP, com prescrição em 2 anos, e sim os artigos 109 e 114, II, do CP. Em suma, a prescrição, como regra, é também regulada com base na pena máxima de prisão cominada ao respectivo delito, à semelhança do que se passa com a pessoa física.

Não incide o artigo 114, I, do CP, que trata da prescrição da pena de multa cominada ou aplicada isoladamente ao delito, porque normalmente a multa não é a única pena cominada ou aplicada, mas prevista cumulativamente com outras penas (de prisão, ainda que somente aplicável à pessoa física, restritivas de direito e prestação de serviço à comunidade), nos termos do artigo 21 da Lei 9.605/98.

Esse artigo não é aplicável, portanto, visto que tal dispositivo legal pressupõe a cominação ou a aplicação isolada de pena de multa à pessoa jurídica criminosa, razão pela qual a prescrição é regulada com base na pena de prisão máxima cominada (CP, art. 109 e 114, II).

Naturalmente, se a empresa vier a ser condenada à pena de multa exclusivamente, a prescrição será regulada com base no prazo de 2 anos; se, porém, for aplicada outra pena, isolada ou cumulativamente com a multa (v.g., prestação de serviço à comunidade), o artigo 114, I, do CP, não será aplicado.

Nesse sentido, precedente do STF:

Agravo regimental em recurso extraordinário com agravo. 2. Direito Penal. 3. Prescrição. Alegação de aplicação às pessoas jurídicas do lapso previsto no inciso I do art. 114 do CP (prescrição da pena de multa). 4. Incidência das súmulas 282 e 356. 5. Ofensa indireta ao texto constitucional. 5. Súmula 279. 6. Não configurada a ocorrência de prescrição em relação ao crime imputado. 7. Nos crimes ambientais, às pessoas jurídicas aplicam-se as sanções penais isolada, cumulativa ou alternativamente, somente as penas de multa, restritivas de direitos e prestação de serviços à comunidade (art. 21 da Lei 9.605/98). No caso, os parâmetros de aferição de prazos prescricionais são disciplinados pelo Código Penal. Nos termos do art. 109, caput e parágrafo único, do Código Penal, antes de transitar em julgado a sentença final, aplica-se, às penas restritivas de direito, o mesmo prazo previsto para as privativas de liberdade, regulada pelo máximo da pena privativa de liberdade cominada ao crime. O crime do art. 54, § 1º, da Lei 9.605/98 – o qual estabelece pena de detenção de seis meses a um ano, e multa – prescreve em 4 anos (CP, art. 109, V). Não ocorrência do prazo de 4 anos entre a data dos fatos e o recebimento da denúncia. Prescrição não caracterizada. Não se afasta o lapso prescricional de 2 anos, se a pena cominada à pessoa jurídica for, isoladamente, de multa (inciso I, art. 114, do CP). 8. Ausência de argumentos capazes de infirmar a decisão agravada. 9. Agravo regimental a que se nega provimento.

(ARE 944034 AgR, Relator(a):  Min. GILMAR MENDES, Segunda Turma, julgado em 30/09/2016, PROCESSO ELETRÔNICO DJe-223 DIVULG 19-10-2016 PUBLIC 20-10-2016)